Kęstowicz spoczywa na Powązkach. Na jego grobie wyryto napis, który przypomina o jego życiowym osiągnięciu.

Każdy, kto go spotkał, wspominał go potem jako niezwykle ciepłego i dobrego człowieka.

Z funduszu zapoczątkowanego pracą Kęstowicza korzystał między innymi Rafał Blechacz, który w 2005 roku zatriumfował w Konkursie Chopinowskim.

Zygmunt Kęstowicz całe życie przeżył u boku ukochanej żony Janiny, która zmarła 11 lat po nim. Byli ze sobą od lat 40.